Αντίθετα με ότι υποστηρίζεται διαρκώς, η παρουσία των καθολικών κοινοτήτων στην Ελλάδα αρχίζει πολύ πριν τον 13ο αιώνα. Και στα Ιόνια Νησιά, παρά την απόφαση του Αυτοκράτορα Λέοντα Γ’ το 731 μ. Χ. για την αφαίρεση από τη ρωμαϊκή δικαιοδοσία των περιοχών του Ανατολικού Ιλλυρικού, οι λατινικές κοινότητες αλλά και το ρεύμα των φιλενωτικών, δίνουν ένα σημαντικό παρόν σε κάθε έκφανση της κοινωνικής, θρησκευτικής και πολιτικής ζωής του τόπου.
Το 1274 ιδρύεται επίσημα η (καθολική) Αρχιεπισκοπή της Κέρκυρας, ενώ πολλές δεκαετίες πριν είχαν συσταθεί με αντίστοιχες Παπικές Βούλες οι Επισκοπές της Κεφαλληνίας και της Ζακύνθου. Υπαγόμενες αρχικά στις αντίστοιχες Αρχιεπισκοπές Παλαιών Πατρών και Κορίνθου, ανέπτυξαν μαζί με την Κέρκυρα μία έντονη ποιμαντική δραστηριότητα, συστήνοντας σημαντικά θρησκευτικά μνημεία, ιδρύοντας ιεροσπουδαστήρια και μοναστηριακές βιβλιοθήκες, σχολεία και ιστορικά μοναστήρια, που διαχειρίζονταν ενίοτε εκπρόσωποι διαφόρων μοναχικών Ταγμάτων, όπως των Αυγουστινιανών, των Φραγκισκανών κ.α.
Στο κέντρο της παλαιάς πόλης της Κέρκυρας, επί της σημερινής οδού Νικηφόρου Θεοτόκη, δίπλα από τον ιστορικό Ναό του Αγίου Αντωνίου των Ορθοδόξων, σώζεται ο αρχαιότερος καθολικός ναός του νησιού, μία από τις αρχαιότερες και πιο ιστορικές εκκλησίες της περιοχής, αυτή του Αγίου Φραγκίσκου της Ασσίζης. Ο χρόνος ίδρυσης του Ναού παραμένει άγνωστος και οι πληροφορίες, λόγω έλλειψης γραπτών μαρτυριών, είναι συγκεχυμένες. Σύμφωνα με τον κοινοβιακό μοναχό και προϊστάμενο της Επαρχίας της Ρωμανίας Vincenzo Mutio από το Μπέργκαμο, η παράδοση φέρει ως ιδρυτή του Ναού τον ίδιο τον Άγιο Φραγκίσκο της Ασσίζης. Η παράδοση αυτή όμως αποτελεί μία συνηθισμένη πρακτική που συνδέεται με τα περισσότερα ιστορικά μοναστήρια της ανατολής, με στόχο να προσδοθεί μεγαλύτερη ιστορική βαρύτητα και ο αντίστοιχος σεβασμός στους ιερούς αυτούς χώρους, κάτι που μέχρι σήμερα όμως δεν έχει επιβεβαιωθεί. Το Τάγμα του Αγίου Φραγκίσκου ιδρύθηκε το 1209 ως επαιτικό Τάγμα της Καθολικής Εκκλησίας, βάσει του Κανονισμού που συνέταξε ο ίδιος ο Άγιος Φραγκίσκος (1182 - 1226).
Εικάζεται πως το αρχαιότερο μέρος του Ναού, αφιερωμένο στον Άγιο Άγγελο, είχε κτισθεί και παραχωρηθεί σε μία κοινότητα ελληνίδων μοναχών τα χρόνια των Δεσποτών της Ηπείρου Αγγέλων Κομνηνών, οι οποίες θα το εγκαταλείψουν ή θα εκδιωχθούν σύμφωνα με άλλες μαρτυρίες την περίοδο της Ανδηγαυικής κατάκτησης του νησιού. Το έτος 1367 ο Ναός του Αγίου Φραγκίσκου ή «του Αγγέλου» όπως είναι γνωστότερος εκείνη την εποχή, παραχωρείται ανακαινισμένος από τον πρίγκιπα του Τάραντα Φίλιππο το Β’ στο Τάγμα των Κοινοβιακών μοναχών του Αγίου Φραγκίσκου, οι οποίοι θα το μετατρέψουν σε αξιόλογο για την εποχή θρησκευτικό κέντρο, στο οποίο θα διαβιεί εκτός των άλλων ο Γενικός Ηγούμενος του Τάγματος για τη Ρωμανία και τη Βαλκανική.
Σύμφωνα με την παράδοση, την 20η Μαΐου 1386, η κερκυραϊκή κοινότητα με απόφαση του Συμβουλίου της, σε μία συμβολική κίνηση, θα προσφέρει μέσα στο Ναό, στο Βενετό Ναύαρχο και Capitano del Golfo Giovanni Miani τα κλειδιά της πόλης, διομολογώντας του την αφοσίωση των κατοίκων του νησιού προς την Γαληνοτάτη Δημοκρατία του Αγίου Μάρκου. Σε ανάμνηση αυτού του γεγονότος είχε αναρτηθεί μία αναμνηστική επιγραφή στην πρόσοψη του Ναού, η οποία αφαιρέθηκε στα μέσα του 19ου αιώνα.
Ο ναός που ανήκει στο ρυθμό της μονόκλιτης ξυλόστεγης βασιλικής και χαρακτηρίζεται από το ρωμανικό κωδωνοστάσιο, ανακαινίσθηκε και καθαγιάστηκε την 17η Σεπτεμβρίου 1621 από τον Αρχιεπίσκοπο Benedetto Bragadino (1618 - 1658). Ο Ιερός Ναός και η Μονή μέχρι και τα τέλη της βενετοκρατίας πρωταγωνιστούσαν στο σύνολο των θρησκευτικών και κοινωνικών εκδηλώσεων και δραστηριοτήτων της ευρύτερης περιοχής. Η έλευση των «δημοκρατικών» γαλλικών στρατευμάτων στην Κέρκυρα θα σημάνει την λήξη της παρουσίας των Φραγκισκανών Κοινοβιακών στο νησί. Η Μονή τους θα δημευθεί από τα στρατεύματα του Ναπολέοντα Βοναπάρτη, όπως και όλες οι πρόσοδοι των λατινικών εκκλησιών και της Αρχιεπισκοπής, μεγάλο μέρος του ναού θα καταπατηθεί και τα περισσότερα κειμήλια θα κλαπούν ή θα καταστραφούν. Ο Ιερός Ναός θα περιοριστεί στα σημερινά του όρια, ενώ το κτήμα με το ιδιαίτερου αρχιτεκτονικού χαρακτήρα Μοναστήρι δεν θα αποδοθεί ποτέ ξανά στην Καθολική Εκκλησία.
Η γαλλική διοίκηση θα παραχωρήσει ένα μέρος από τα οικήματα του Ναού, αριστερά του κεντρικού Βήματος, στην οικογένεια του διευθυντή του περίφημου και πρώτου σε ελληνικό έδαφος τυπογραφείου, το οποίο στεγάζονταν μέσα στον παρακείμενο Ναό της Παναγίας του Καρμήλου «Τένεδος», και στον οποίον είχαν τυπωθεί τα πατριωτικά κείμενα του Ρήγα Φεραίου και του Χριστόφορου Περαιβού.
Ακολούθως, στο χώρο της καταργημένης Μονής, θα στεγαστεί η Ιονική Ακαδημία των Γάλλων, ενώ από το 1811 έως το 1815 θα λειτουργήσει στο χώρο του παλαιού Μοναστηριού η πρώτη Καλλιτεχνική Σχολή Κέρκυρας υπό τη διεύθυνση του κορυφαίου γλύπτη Παύλου Προσαλέντη. Στα τέλη του 19ου αιώνα ο χώρος της Μονής θα στεγάσει το κερκυραϊκό παράρτημα του πρότυπου Αρσάκειου Παρθεναγωγείου, στη συνέχεια το Ισραηλιτικό Σχολείο Κέρκυρας και σήμερα το 5ο Δημοτικό Σχολείο του Νομού. Κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου ο Ναός θα βομβαρδιστεί από την ιταλική αεροπορία με αποτέλεσμα την καταστροφή της διακοσμημένης με διάφορα μοτίβα ουρανίας του, ενώ θα λειτουργήσει μέχρι και τα πρώτα χρόνια της δεκαετίας του 1970 ως Μητροπολιτικός Ναός των Καθολικών της Κέρκυρας, αφού αντίστοιχα ο Ντόμος είχε βομβαρδιστεί το 1943 από τη γερμανική πολεμική αεροπορία.
Ο Ναός σύμφωνα με την επτανησιακή ναοδομία φέρει ένα κεντρικό και τέσσερα πλευρικά Ιερά Βήματα ή αλτάρια όπως είναι γνωστότερα χτισμένα κυρίως τον 18ο αιώνα, ενώ στη δυτική του πλευρά υπάρχει μικρός εξώστης, όπου προπολεμικά βρίσκονταν το εκκλησιαστικό όργανο που σήμερα φυλάσσεται στον Καθολικό Καθεδρικό Ναό «Ντόμο». Μέσα στην Εκκλησία διατηρούνται αξιόλογα έργα εκκλησιαστικής τέχνης και λατρευτικά αντικείμενα τα οποία προέρχονται από τις Καθολικές Εκκλησίες που βομβαρδίστηκαν κατά τη διάρκεια του Β’ παγκοσμίου πολέμου: την Καθολική Μητρόπολη «Ντόμο» και την Παναγία την Ευαγγελίστρια γνωστότερη ως «Annunziata».
Το κεντρικό βήμα του Ναού είναι αφιερωμένο στον Άγιο Φραγκίσκο της Ασσίζης, μπροστά από το οποίο βρίσκεται ένας μεγαλοπρεπής ξύλινος σταυρός που μεταφέρθηκε στο Ναό από την Μητρόπολη του Αγίου Ιακώβου. Το αρχαιότερο επιγραφικό μνημείο που σώζεται σήμερα στο Ναό είναι μία μαρμάρινη βάσκα (acquasantiera) με ημερομηνία 1571 και πιθανότατα σχετίζεται με την ανακαίνιση του Ναού μετά τη δεύτερη τουρκική πολιορκία. Στα αριστερά του Ναού ένα από τα σημαντικότερα ζωγραφικά μνημεία, έργο του βενετού Francesco Fontebasso (1709 – 1769) κοσμεί το Βήμα της Αγίας Βαρβάρας, που χρησιμοποιούνταν από την Αδελφότητα των Πυροβολητών, το Σώμα των Bombardieri ή Artiglieri, για τις συνεδριάσεις, τις τελετές και της λειτουργίες τους. Δίπλα ακριβώς, βρίσκεται ο μεγαλοπρεπής βωμός, αφιερωμένος στον Άγιο Αντώνιο της Πάδοβας. Το Ιερό αυτό Βήμα, με Παπική Σύνοψη που υπεγράφη στις 4 Οκτωβρίου 1751, ημέρα εορτής του Αγίου Φραγκίσκου από τον Πάπα Βενέδικτο 14ο θεωρείται προνομιούχο, καθότι σ’ αυτό λειτουργούνταν οι αξιωματούχοι της βενετικής διοίκησης και επιφανή μέλη της κερκυραϊκής κοινότητας.
Στα δεξιά του Ναού σώζεται ο μοναδικός σε σχέση με τους μαρμάρινους, ξύλινος Βωμός με την εικόνα του Αγίου Ρόκκου, η οποία μεταφέρθηκε από την ομώνυμη εκκλησία της συντεχνίας των αχθοφόρων, που βρίσκονταν στη περιοχή Σαρρόκο Κέρκυρας, απέναντι από το παλαιό σήμερα Ψυχιατρείο. Τέλος στη θέση μία κατεστραμμένης εικόνας της Παναγίας, έχει τοποθετηθεί στις αρχές του 20ου αιώνα μία εικόνα της Υπεραγίας Θεοτόκου, που σύμφωνα με τις υπάρχουσες μαρτυρίες μεταφέρθηκε από την Καθολική Εκκλησία της Λευκάδας.
Δίπλα από το Ναό υπάρχει ένα ακόμα παρεκκλήσιο, ίσως το αρχαιότερο αρχιτεκτονικό τμήμα του Ναού, ανακαινισμένο από τα βρετανικά στρατεύματα το 1850, το οποίο αφιερώθηκε τότε στην Αγία Άννα, την μητέρα της Παναγίας και στην Αγία της Οικογένεια. Στο Ναό του Αγίου Φραγκίσκου σώζονται ταφικά μνημεία και επιτύμβιες επιγραφές μελών αρχοντικών οικογενειών της Κέρκυρας και της Βενετίας: Σημαντικότερα είναι αυτά των μελών των Λατινικών Αδελφοτήτων των Πυροβολητών και της αντίστοιχης των Αγίων Ρόκκου και Χριστοφόρου, της οικογένειας του κόμητος Ιωάννη Βαπτιστή Κόγκο – Σορδίνα, των ευγενών και αξιωματούχων του βενετικού στόλου Nicolao Muazzo, Stefano Valmarana, Hieronimo Savorgnani, Alexandro Magnanini, Iacobo Berlendi, Georgio Clado κ.α.
Ο ναός τιμάται την 4η Οκτωβρίου ημέρα μνήμης του Αγίου Φραγκίσκου και πανηγυρίζει μετά από το καθιερωμένο παραδοσιακό δεκατριήμερο προσευχών, την 13η Ιουνίου, εορτή του Αγίου Αντωνίου της Πάδοβας.
Σπ. Π. Γαούτσης